華納時代（2002年－2006年）

2002年，日本 S2S Tracks 挑選了蔡健雅曾發行過的七首英語曲子，發行《Secret Lavender》專輯。同年憑《I Do Believe 相信》專輯首次入圍第13屆金曲獎最佳國語女演唱人獎，並同時以王菲〈打錯了〉作曲者身份入圍最佳作曲人獎；在新加坡發行第三張英語專輯《Jupiter》，其中隱藏曲〈Hello God〉的歌詞明顯地控訴她在環球唱片所遭受到的待遇。

2003年蔡健雅將國語唱片簽約於台灣華納唱片旗下，並於6月6日發行《陌生人》專輯。華納請來新生代演員桂綸鎂、Duncun演出第一波主打〈無底洞〉MV，廣受好評並順利打開專輯名聲；隨即請原班人馬趕拍〈陌生人〉MV做為下集，同樣廣為流傳。華納趁勢追擊，於7月6日在淡水漁人碼頭舉辦大規模的演唱會，並發行《Jupiter》台壓版。

2004年蔡健雅首度擔任其他歌手的製作人，替梁詠琪製作《歸屬感》專輯。同年憑《陌生人》專輯入圍第15屆金曲獎最佳國語女演唱人。

2005年初發行於2004年錄製完成的《雙棲動物》，收錄包括和孫燕姿合唱的〈原點〉，但銷售量不如《陌生人》理想。

2006年發行《T-Time》新歌加精選輯，並收錄部份環球時期的歌曲；同年憑《雙棲動物》專輯入圍第17屆金曲獎最佳國語流行音樂演唱專輯、最佳專輯製作人和最佳國語女演唱人獎，最後獲得最佳國語女演唱人獎。同年10月，和台灣華納約滿，結束合作關係；並於同月9日結束與 Music & Movement 的經紀合約。