獨立製作（2006年－2017年）

2005年蔡健雅開始感覺唱片公司對自己的規劃和自己做音樂的初衷漸行漸遠，她身為創作人的身份似乎漸漸被忽略，而自己也越來越迷惘、不快樂，於是同年她去了一趟印度Mysore，學習八肢瑜珈，並自我探索，在這趟身心靈的旅程中，她做了重要的決定：如果還要繼續在音樂路上往前，就必需找回對音樂的初衷，做個全創作歌手。因此，2006年《T-Time》精選輯發行之後，她與唱片公司、經紀公司的合約也都剛好告一段落，她便決定獨自搬到台北定居，成立天涯音樂工作室，開始新一階段的音樂旅程。

2006年12月3日蔡健雅參與台北簡單生活節演出。

2007年5月蔡健雅將國語唱片發行權簽於亞神音樂旗下。6月，擔任張震嶽專輯《OK》主打歌〈思念是一種病〉的女合聲。7月6日及7月8日分別參與白色海洋音樂祭與貢寮國際海洋音樂祭演出。並於10月19日發行由她自己擔綱製作人的專輯《Goodbye & Hello》，年底與戴佩妮一起於台北新舞台舉辦共同售票演唱會。

2008年蔡健雅3月於香港、7月底至8月初於台灣、12月於上海舉辦個人售票演唱會，並於12月7日再次參與台北簡單生活節演出；7月推出《My Space》，專輯內容包括1月北京小型演唱會現場錄音和三首demo；同年憑《Goodbye & Hello》獲第19屆金曲獎7項提名，最終拿下最佳專輯製作人獎和最佳國語女歌手獎兩座大獎。

2009年蔡健雅憑《My Space》專輯入圍第20屆金曲獎最佳國語女歌手獎。同年8月19她發行《若你碰到他》，並入圍第21屆台灣金曲獎最佳作曲人、最佳國語女歌手、最佳專輯製作人、最佳國語專輯獎。

2010年蔡健雅完成了第一張由自己的天涯工作室投資製作的英文專輯「Just Say So」，這張專輯收錄的全部都是她自己的詞曲創作，並親自飛到洛杉磯和許多樂手共同完成編曲和製作 。接着，中國大陸天后級歌手那英也邀請她擔任「那又怎樣」專輯的製作人，這是蔡健雅第一次擔任其它歌手整張專輯的製作人。

2011年蔡健雅繼續製作了國語專輯《說到愛》，這張專輯是她音樂的新里程碑，過去她的許多專輯收錄的許多歌曲都是偏悲傷的情歌，但在這個階段，她想找回生命的正面能量，做一張相信愛的專輯，加上在2011年4月時她經歷了父親去世的重大衝擊，更使她決定要去完成一張有力量，能鼓勵人的專輯。在2011年同時發行《Just Say So》和《說到愛》兩張專輯。

2012年蔡健雅憑《說到愛》專輯入圍第23屆金曲獎七項獎項，並獲得最佳國語女歌手獎。這是蔡健雅第三次獲得該獎，也是金曲獎史上第一位女歌手三度獲此殊榮。

2013年9月蔡健雅發行《天使與魔鬼的對話》專輯；12月宣佈加盟第一季《中國好歌曲》，連同劉歡、楊坤、周華健共同擔綱導師。

2014年蔡健雅憑《天使與魔鬼的對話》專輯再度入圍第25屆金曲獎最佳國語女歌手獎。

2015年蔡健雅繼續擔任第二季《中國好歌曲》導師。同年11月發行《失語者》專輯；12月，參加《隱藏的歌手》，為第八期之原唱歌手。

2016年蔡健雅憑《失語者》專輯獲第27屆金曲獎六項提名，包括最佳國語專輯獎、最佳作曲人獎、最佳專輯製作人獎和最佳國語女歌手獎。隨後與亞神音樂約滿。